新疆科学技术出版社成立于1990年10月13日，当时社名为新疆科技卫生出版社(K)，由新疆人民出版社各文种科技编辑室、科学普及出版社新疆维哈分社、人民交通出版社新疆民族文字编译部、人民体育出版社新疆体育书刊编辑部整合而成，主管单位是新疆维吾尔自治区新闻出版局(版权局)。经国家新闻出版总署批准，自2002年12月30日起改名为新疆科学技术出版社。

新疆科学技术出版社由维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、柯尔克孜、塔塔尔、乌孜别克、俄罗斯、回、朝鲜等十个民族的职工组成，少数民族职工占全社职工总数的70%，坚持按照政治强、业务精、纪律严、作风正的要求，建没出版编辑队伍。通过加强举习、岗位锻炼、到内地出版社挂职锻炼等方法，不断提高出版社职工的政治素质和业务素质，一大批优秀的出版工作者脱颖而出，成为骨干力量，为出版杜的发展作出了贡献。